Inicijativa o osnutku Hrvatske zajednice županija potekla je iz Primorsko-goranske županije koja se 1998. godine učlanila u Skupštinu europskih regija. Konstituirajuća sjednica održana je 16. svibnja 2003. godine u Osijeku. Zajednici su postepeno pristupile i ostale županije. Na konstituirajućoj sjednici za prvog predsjednika Zajednice izabran je župan Zlatko Komadina kao priznanje Primorsko-goranskoj županiji na pokrenutoj inicijativi i dvogodišnjem radu na osnivanju Zajednice hrvatskih županija.
Na svečanosti su uručene zahvalnice osnivačima, dok su se okupljenima obratili sadašnji predsjednik Hrvatske zajednice županija i župan Brodsko-posavske županije Danijel Marušić, prvi predsjednik Hrvatske zajednice županija i župan Primorsko-goranske županije Zlatko Komadina, predsjednik Vlade Republike Hrvatske Andrej Plenković, gradonačelnik Opatije Fernardo Kirigin.